רותם היה קצין חקירות ומודיעין ברשות המיסים שטען שנחשף בה לפרשיית שחיתות חמורה ביטוייו נשאו אופי פוליטי, ומשכך על הפרק פגיעה בחופש הביטוי
לאחר 15 שנים בשנת התמנה קצין מודיעין ופרויקטים מיוחדים ביחידה הארצית לחקירות מכס ומע"מ השופט גרשון גונטובניק במחוזי קבע אז כי "מעשיו של רותם נבעו מרצונו לחשוף שחיתויות

רפי רותם

אלא שפרקליטת המחוז דאז, רות דוד, הורתה לסגור את התיק מחוסר ראיות ומחוסר אשמה.

רפי רותם
תפקידו כלל תפיסת מכולות סיגריות מוברחות וסיוע למשטרה במאבקה במשפחות הפשע בישראל
רפי רותם
רותם ערער למחוזי בתל אביב וזוכה מכל האישומים שיוחסו לו
באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
כחצי שנה לאחר מכן, באפריל 2014 כתב משרד מבקר המדינה לעורך דינו של רפי רותם, ואמר כי הוחלט להיעתר לבקשתו של רותם למסירת מידע בעל פה ואסמכתאות מתאימות
פרקליטות המדינה ערערה על פסק הדין לבית המשפט העליון וזה קיבל את הערעור והשיב את פסק דינו של בית משפט השלום על כנו ב-9 בספטמבר 2020 פסק בתל אביב כי המשטרה תפצה את רותם במעל 200,000 שקל בגין מעצר השווא והנכות שנגרמה לו בגלל אלימות השוטרים כלפיו
פנייתו אל נמצאה מוצדקת והעלתה חשדות לטיוח במה שמכונה "" הפנייה הועברה לטיפול פרקליט המדינה

רפי רותם

עוד בשנת 2017 הוכר רפי רותם על ידי האו"ם כאחד מחמשת חושפי השחיתויות בעולם כשהוא נירדף על ידי גורמי אכיפה בישראל.

12
רפי רותם
בדצמבר 2013, פנו 44 עיתונאים מוערכים למבקר המדינה להכיר ברפי רותם כחושף שחיתויות
באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
בבקשת הסנגורים לדיון ביקשו כי ההרכב המורחב ידון בשאלות משפטיות שנקבעו כהלכה בפסק הדין הקודם
באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
בינואר העניק , השופט לרפי רותם, והכרה כ בשנת העניקה לרפי רותם את אות " לשנת 2014" בקטגוריה "חושף שחיתויות"
בפסק הדין נקבע שעניינו ביסודו הוא מקרה של "יחסי עבודה עכורים" ביוני 2018 בית המשפט המחוזי בתל אביב קיבל חלק מערעורו של רותם על פסק הדין בגין העלבת עובד ציבור וזיכה אותו מ-15 סעיפי אישום מהטעם שהגשת האישומים הייתה בלתי מידתית

באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם

בשנת 2008 נדחתה על הסף עתירתו של רותם ל על ידי השופטים , , ו.

באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
רותם הורשע בחלק מסעיפי אך זוכה מההאשמות בדבר איומים ובדבר
באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
בין היתר, מבקשים הסנגורים לדון אם בית המשפט יכול לבחון את החלטת רשויות התביעה להעמיד לדין אדם כחלק מ"דוקטרינת הגנה מן הצדק", ואם בית המשפט יכול לבקר החלטה להגיש כתב אישום פלילי מכוח עקרון "שיוריות במשפט הפלילי"
באופן חריג: דיון נוסף בעליון לחושף השחיתויות רפי רותם
בעקבות תלונה שהגיש התנהלה חקירת משטרה בשנים 2004-2003, וזו הועברה לטיפולה של פרקליטות מחוז תל אביב